市水陆运输事业发展中心（市船舶检验处）隶属市交通运输局领导，为副县级事业单位。

市水陆运输事业发展中心（市船舶检验处）领导班子职数为1正4副。其中一名副职兼任纪委书记。

中心内设13个职能科室，分别为办公室、政工科、财务审计科、监察科、船舶检验科、综合运输科、公共交通科、港口航运科、计划建设科、驾培维修科、应急保障科、交通物流科、科技信息科。